ההתחלה
להקת פיקוד המרכז החלה להתגבש במחצית השניה של 1953 ביזמתו של יצחק יצחקי, קצין ההסברה וההשכלה של פיקוד המרכז וגדעון שמר מונה לתפקיד במאי הלהקה. כבר בסוף 1953 עלתה התכנית הראשונה, כשהיא מורכבת מאוסף של פזמונים ומערכונים. אלה הועלו באירועים שנערכו במפקדת הפיקוד בתחילת שנות החמישים.

שנות החמישים
בשנות החמישים העלתה להקת פיקוד המרכז תכניות רבות, אך רובן לא היו מעניינות והן לא זכו להצלחה בקרב החיילים, למעט תכנית ה', 'פשיטה בכפר' שעלתה ב-1956. כמו רוב הלהקות בתקופה זו, גם להקת פיקוד המרכז פעלה בצילה של להקת הנח"ל המהוללת, ולמרות אוסף חבריה המוכשרים לא זכתה הלהקה לפופולריות ושירים בודדים הפכו להיטים.
בתקופה זו בלטה מעורבותם של יוחנן זראי ונעמי שמר בהפקה המוסיקלית. נעמי שמר היתה אז בראשית דרכה, ומחוסר בטחון בכישוריה ככותבת מילים היא נהגה לחתום בשם העט 'ש. כרמל'. יוחנן זראי התנה את השתתפותו כמנהל מוסיקלי בצירופה של אשתו, ריקה זראי, כאחראית על העמדת הפזמונים, ושירה של הלהקה, 'גן השקמים', הפך לימים לאחד המזוהים ביותר עם ריקה זראי, שגם הביאה לפרסומו.
מבין בוגרי הלהקה הבולטים בעשור זה ניתן למנות את מושיק טימור, אריה לבנון, אילי גורליצקי, עודד תאומי, עודד קוטלר ואחרים. ב-1957 הופק תקליט אריך נגן ראשון  ללהקה ('שמע חבר'), אוסף שכלל הקלטות מתכניות שונות שלא עלו ע"ג תקליט ושירים נוספים שהוקלטו בין התכניות של שנות החמישים. 

שנות השישים
בתחילת שנות השישים המשיכה הלהקה להעלות תכניות שלא בלטו במיוחד, אולם הצטרפותו של עידוא בן-גוריון, בוגר להקת הנח"ל, כבמאי הלהקה, הפיחה רוח חדשה בכל מרכיבי ההופעה של הלהקה. עד למלחמת ששת הימים פעלה הלהקה בצורה מינורית, עם מיעוט יחסי של שירים חדשים וכך גם מיעוט בהקלטת אלבומים. בתקופת המלחמה פעלה הלהקה בעיקר במסגרת צוות הווי עקב שחרור חבריה.
לאחר מלחמת ששת הימים הרחיבה הלהקה את פעילותה ותכניתה הראשונה לאחר המלחמה נחלה הצלחה רבה, הפופולריות גאתה ושירי הלהקה הפכו להיטים, כשהבולט מביניהם היה 'גבעת התחמושת'. דני ליטאי ויאיר רוזנבלום ניהלו את ההכנות לתכנית ביד קשה והאווירה בלהקה היתה עכורה. בנוסף, התחמקו חברי הלהקה מלהופיע במקומות רחוקים ולכן החליט אלוף פיקוד המרכז החדש, רחבעם (גנדי) זאבי, לפזר את הלהקה.
לאחר שנה יזם גנדי את הקמת הלהקה בהרכב חדש, ועד סוף התקופה העלתה הלהקה שלוש תכניות מוצלחות במיוחד, שהפכו את הלהקה לאחת המובילות בצה"ל.
רבים מבין בוגרי הלהקה בעשור זה היו לדמויות בולטות בתרבות הישראלית כגון: דני ליטאי, שייקה לוי, צדי צרפתי, אושיק לוי, חדוה עמרני, מיכל טל, שלמה וישינסקי, יגאל חרד, חנוך רוזן, מוטי גלעדי, דודו זכאי, שלמה בר-אבא, שם-טוב לוי, עמרי ניצן וניצה שאול.

שנות השבעים
בתחילת שנות השבעים המשיכה הלהקה את תנופת ההצלחה עד למלחמת יום הכיפורים. במקביל פעלו בפיקוד שני צוותי הווי שונים שחברו יחדיו והרכיבו את הלהקה ב-1972. לאחר מלחמת יום הכיפורים המשיכה הלהקה, שצומצמה לצוות הווי פיקוד המרכז, להופיע עד סיום פעילותה בסוף שנות השבעים.
בוגרי הלהקה הבולטים בתקופה זו היו שלומית אהרון, עוזי חיטמן, רונית אופיר, גילי דור, אלי גורנשטיין, דורית ראובני, רוחמה רז ואחרים.

שנות השמונים
עם חידוש פעילות הלהקות הצבאיות בשנות השמונים, העלתה להקת פיקוד המרכז המתחדשת שתי תכניות בולטות, כאשר הראשונה נחלה הצלחה מסחררת והשניה פחות. ב- 1988 הפסיקו הלהקות הצבאיות להקליט אלבומים מסחריים, מה שפגם בפופולריות שלהם, אך להקת פיקוד המרכז עלתה לכותרות ב-1989 כאשר כמה מחבריה נעצרו ע"י המשטרה הצבאית בגין שימוש בסמים וחלקם אף נשלח לכלא.